Die Primarschule Düdingen wird von Eliane Aebischer (Mittel- und Obertstufe, 2. Zyklus) und Stephanie Tschopp (Kindergarten und Unterstufe, 1. Zyklus) geleitet. Die Schulleitungsaufgaben sind in folgende Tätigkeitsbereiche eingeteilt: 

• Schul- und pädagogische Entwicklung 
• Organisation
• Administration
• Finanzen

Unterstützt wird die Schulleitung durch die "erweiterte Schulleitung", bestehend aus den jeweiligen Stufen- und Schulhausleitenden.